Để đảm bảo quyền và nghĩa vụ cho cổ đông công ty thì pháp luật đã quy định rất chặt chẽ về cơ cấu tổ chức Công ty cổ phần.

Trong hệ thống pháp luật doanh nghiệp tại Việt Nam, công ty cổ phần là loại hình doanh nghiệp có tính chất đối vốn đặc trưng, cho phép khả năng huy động nguồn lực tài chính từ cộng đồng rất lớn. Do đặc thù sở hữu rộng rãi, nhằm bảo vệ quyền lợi hợp pháp của các cổ đông cũng như đảm bảo sự vận hành ổn định, Luật Doanh nghiệp 2020 đã thiết lập những quy định chặt chẽ về đặc điểm và cơ cấu tổ chức quản lý. Việc nắm vững các quy định này là điều kiện tiên quyết để doanh nghiệp hoạt động đúng pháp luật.
Dựa trên các quy định hiện hành, công ty cổ phần sở hữu những đặc trưng cơ bản giúp phân biệt với các loại hình doanh nghiệp khác như công ty TNHH hay công ty hợp danh. Cụ thể:
Theo Điều 137 Luật Doanh nghiệp 2020, tùy vào quy mô và nhu cầu quản trị, doanh nghiệp có quyền lựa chọn một trong hai các mô hình tổ chức quản lý công ty cổ phần sau đây:
Cơ cấu bao gồm: Đại hội đồng cổ đông, Hội đồng quản trị, Ban kiểm soát và Giám đốc hoặc Tổng giám quyết. Tuy nhiên, pháp luật có quy định linh hoạt cho các doanh nghiệp nhỏ: Nếu công ty có dưới 11 cổ đông và các cổ đông là tổ chức sở hữu dưới 50% tổng số cổ phần thì không bắt buộc phải thành lập Ban kiểm soát.
Cơ cấu bao gồm: Đại hội đồng cổ đông, Hội đồng quản trị và Giám đốc hoặc Tổng giám đốc. Trong mô hình này, để đảm bảo tính minh bạch, ít nhất 20% số thành viên Hội đồng quản trị phải là thành viên độc lập và phải có Ủy ban kiểm toán trực thuộc Hội đồng quản trị. Chức năng, nhiệm vụ của Ủy ban kiểm toán sẽ được quy định cụ thể tại Điều lệ công ty hoặc quy chế hoạt động do Hội đồng quản trị ban hành. Đây chính là mô hình công ty cổ phần không có ban kiểm soát nhưng vẫn đảm bảo cơ chế giám sát nội bộ.
Việc xác định người đại diện theo pháp luật đóng vai trò quan trọng trong giao dịch và trách nhiệm tố tụng của doanh nghiệp:
Đây là cơ quan quyết định cao nhất của công ty cổ phần, bao gồm tất cả các cổ đông có quyền biểu quyết. Đại hội đồng cổ đông nắm giữ các quyền lực tối cao như thay đổi ngành nghề kinh doanh, thay đổi vốn điều lệ, bầu/miễn nhiệm thành viên Hội đồng quản trị và Ban kiểm soát.
Hội đồng quản trị là cơ quan quản lý công ty, có toàn quyền nhân danh công ty để quyết định, thực hiện các quyền và nghĩa vụ của công ty, ngoại trừ những thẩm quyền thuộc về Đại hội đồng cổ đông. Hội đồng quản trị đóng vai trò hoạch định chiến lược và giám sát hoạt động điều hành.
Là cơ quan chuyên môn trực thuộc Hội đồng quản trị (trong mô hình thứ hai). Ủy ban kiểm toán phải có từ 02 thành viên trở lên, trong đó Chủ tịch Ủy ban kiểm toán bắt buộc phải là thành viên độc lập của Hội đồng quản trị. Các thành viên khác của Ủy ban phải là thành viên Hội đồng quản trị không điều hành nhằm đảm bảo tính khách quan trong việc giám sát.
Hội đồng quản trị có trách nhiệm bổ nhiệm một thành viên Hội đồng quản trị hoặc thuê người khác để đảm nhiệm vị trí Giám đốc hoặc Tổng giám đốc. Người giữ chức vụ này là người điều hành công việc kinh doanh hằng ngày của công ty, chịu sự giám sát trực tiếp từ Hội đồng quản trị và phải chịu trách nhiệm trước Hội đồng quản trị cũng như trước pháp luật về việc thực hiện các quyền và nghĩa vụ được giao. Nhiệm kỳ của Giám đốc hoặc Tổng giám đốc không quá 05 năm và có thể được bổ nhiệm lại với số nhiệm kỳ không giới hạn.